Program pendidikan MEP FEB UGM terdiri dari:
1. Kelas Reguler
Kelas diselenggarakan pada hari Senin – Jum’at, dengan masa studi 24 bulan (sudah termasuk matrikulasi), dengan periode perkuliahan pada bulan Februari untuk semester genap dan Agustus untuk semester gasal.
2. Kelas Akhir Pekan
Kelas Akhir Pekan lebih ditujukan untuk calon mahasiswa yang telah memiliki pengalaman kerja dan ingin meningkatkan kapasitas keilmuan dan profesionalismenya. Masa studi normal Kelas Akhir Pekan adalah 24 bulan, dan perkuliahan diselenggarakan pada hari Sabtu. Kelas terselenggara apabila jumlah peminat minimal 15 orang untuk setiap konsentrasinya dan hanya dibuka pada semester gasal pada setiap tahunnya.
3. Kelas Dual Degree
Program pendidikan Dual Degree, dengan pola perkuliahan satu tahun kuliah di MEP FEB UGM dan satu tahun kuliah di luar negeri. Kelas Dual Degree, MEP FEB UGM bekerjasama dengan Pusbindiklatren Bappenas dengan konsentrasi Perencanaan dan Pembangunan Daerah. Ada 6 (enam) Universitas di Jepang yang menjadi mitra yaitu National Graduate Institutes for Policy Studies (GRIPS), International University of Japan (IUJ), Hiroshima University, Takushoku University, Kobe University, dan Ritsumeikan University.
4. Program Magister dan Sertifikasi Penilai
Program ini merupakan kerjasama antara Program Studi MEP FEB UGM dengan Masyarakat Profesi Penilai Indonesia (MAPPI), dalam rangka memenuhi kebutuhan tenaga penilai di Indonesia. Program Sertifikasi Penilaian merupakan lanjutan dari konsentrasi:
